Η βιολογική διαχείριση ειδών πανίδας αποτελεί την πιο κοινωφελή σύγχρονη εφαρμογή της παραδοσιακής ιερακοθηρίας. Σε αυτή βασιζόμαστε στην φυσική παρουσία και τα κυνηγετικά ένστικτα του αρπακτικού πτηνού ώστε να εκδιώξει και να μειώσει πληθυσμούς άλλων ειδών, που αποτελούν φυσικά θηράματα των αρπακτικών, και που τοπικά υπεραυξήθηκαν λόγω της απουσίας φυσικών θηρευτών. Η βιολογική διαχείριση είναι μία περίπλοκη διαδικασία με πολλές υποκατηγορίες και αποτελεί σε πολλές περιπτώσεις την πιο αποτελεσματική και οικολογική μέθοδο διαχείρισης. Η βιολογική διαχείριση μπορεί να διενεργείται τόσο ως ιδιωτική/εμπορική δραστηριότητα όσο και σε συλλογική βάση και μειώνει την διαμάχη των χρηστών γης με την άγρια ζωή.
Η πιο μακροχρόνια και γνωστή στο ευρύ κοινό δράση βιολογικής διαχείρισης είναι ίσως η Μονάδα Θηρευτικών Ιεράκων της Πολεμικής Αεροπορίας, που ιδρύθηκε από τον Ταξίαρχο Δημήτρη Αντωνίου (επίτιμο μέλος του Σ.Ε.Ι και αρχιγερακάρη) το 1998. Η μονάδα που λειτουργεί έως σήμερα, έχει στόχο την ρύθμιση των πληθυσμών των μεταναστευτικών πτηνών γύρω από τα πολεμικά αεροδρόμια ώστε να μην προσκρούουν με τα πολεμικά αεροσκάφη, κάτι που θα στοίχιζε σε ζωές αξιόμαχων πιλότων και σε πολλά εκατομμύρια ευρώ υλικών ζημιών.
Μια άλλη δράση της βιολογικής διαχείρισης ειδών με αρπακτικά πτηνά αποτελεί ο έλεγχος της υπεραύξησης και συγκεντρώσεων μεγάλων σμηνών ανθρωπόφιλων ειδών πτηνών (κυρίως κορακοειδών, ψαρονιών, γλάρων, περιστεριών) μέσα στον αστικό ιστό. Τα πτηνά αυτά συγκεντρώνονται για να διανυκτερεύσουν μέσα σε αστικά πάρκα, νιώθοντας προστασία από την παρουσία του ανθρώπου ενώ τα ψηλά κτήρια προσφέρουν προστασία από έντονα καιρικά φαινόμενα. Τα κόπρανα χιλιάδων πτηνών μπορεί να αποτελέσουν εστία μόλυνσης, ηχορύπανσης ενώ τα όξινα κόπρανα διαβρώνουν αυτοκίνητα, ιδιωτικές εγκαταστάσεις και αρχαιολογικά ευρήματά. Η διεξαγωγή βιολογικής διαχείρισης σε αστικούς χώρους είναι μια προκλητικά δύσκολη επιχείρηση.
Μια σημαντική εφαρμογή της βιολογικής διαχείρισης ειδών πανίδας βρίσκεται στην προστασία καλλιεργειών. Πολλές καλλιέργειες υποφέρουν από την μόνιμη ή περιστασιακή επιδρομή σμηνών πτηνών (κυρίως κορακοειδών και ψαρονιών), τρωκτικών και κολεοπτέρων. Η συστηματική ενεργητική πτήση αρπακτικών πτηνών αποθαρρύνει τις επιδρομές. Παράλληλα η εγκατάσταση σταθμών επανένταξης νεοσσών νυχτοβίων αρπακτικών βοηθά στην μείωση του αριθμού τρωκτικών χωρίς την χρήση επικίνδυνων ποντικοφάρμακων.
Μια πρωτοποριακή εφαρμογή της βιολογικής διαχείρισης με σημαντικό αποτύπωμα στην βιοποικιλότητα είναι η χρήση αρπακτικών για την μείωση χωροκατακτητικών ή ξενικών ειδών πανίδας που έχουν εγκατασταθεί σε ευαίσθητα οικολογικά περιοχές. Τέτοιες περιπτώσεις αποτελούν διάφορες εγκαταλειμμένες / εξαγριωμένες γίδες σε βραχονησίδες και νησιά του Αιγαίου με ενδημικά φυτά και φωλιές απειλουμένων ειδών θαλασσοπουλιών. Η εγκατάσταση αρουραίων σε βραχονησίδες, η υπεραύξηση του πληθυσμού του Ασημόγλαρου έναντι του Αιγαιόγλαρου, η υπεραύξηση μεγάλων φυτοφάγων λόγω έλλειψης φυσικών εχθρών, η τοπική υπεραύξηση σαρκοφάγων θηρευτών (π.χ. αλεπού, τσακάλι) που μπορεί να περιορίζει την εξάπλωση θηρεύσιμων ειδών (π.χ. λαγού, πέρδικας, φασιανού, ορτυκιού κ.α).
Οι παραπάνω περιπτώσεις βιολογικής διαχείρισης χρήζουν ειδικών ιερακοθηρικών γνώσεων, πρότερη διενέργεια ειδικών επιστημονικών ερευνών πριν την εφαρμογή τους και αδειοδότηση από τις αρμόδιες αρχές.
