Ο Σ.Ε.Ι αποτελεί βασικό θεσμικό συνεργάτη του Υπουργείου Περιβάλλοντος & Ενέργειας και ειδικότερα της Γενικής Διεύθυνσης Δασών & Δ.Π για θέματα που αφορούν την ιερακοθηρία.
Ο Σ.Ε.Ι, το Τμήμα Διαχείρισης Άγριας Ζωής και Θήρας και το Τμήμα Ελέγχου Εμπορίας και Διακίνησης Άγριας Ζωής και Ειδών CITES του Υ.Π.Ε.Ν. έχουν αγαστή και πολυεπίπεδη, παραγωγική συνεργασία για την εφαρμογή της ιερακοθηρίας στην Ελλάδα με γνώμονα τις νομικές διατάξεις περί Θήρας, προστασίας Άγριας Ζωής και εφαρμογής της Συνθήκης CITES.